Нажмите на эту строку чтобы перейти к Новостям сайта "Русский врач"

Перейти на сайт журнала "Врач"
Перейти на сайт журнала "Медицинская сестра"
Перейти на сайт журнала "Фармация"
Перейти на сайт журнала "Молекулярная медицина"
Перейти на сайт журнала "Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии"
Журнал включен в российские и международные библиотечные и реферативные базы данных
РИНЦ (Россия)
Регистрационное агентство DOI (США)
Scientific Indexing Services (США)
CAS Source index (США)
Ulrichsweb (Ulrich’s Periodicals Directory)

КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ГИДРОГАЛОГЕНИДОВ АМИДРАЗОНОВ С БЕЛКАМИ-МИШЕНЯМИ

Скачать статью в PDF
DOI: https://doi.org/10.29296/25419218-2020-08-07
Номер журнала: 
8
Год издания: 
2020

А.С. Сенина(1), К.М. Пац(2), А.В. Москвин(1), Ю.Б. Порозов(2, 3) 1-Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет, Российская Федерация, 197376, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, д. 14; 2-Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО), Российская Федерация, 197101, Санкт-Петербург, Кронверкский проспект, д. 49; 3-Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский университет), Российская Федерация, 119991, Москва, Трубецкая улица, д. 8 стр. 2

Введение. Синтезирован ряд биологически активных гидрогалогенидов амидразонов, которые являются перспективной группой для разработки средств, обладающих антибактериальной и противогрибковой активностями. Цель исследования – осуществить прогноз и провести компьютерное моделирование взаимодействия синтезированных соединений с бактериальными и грибковыми мишенями. Материал и методы. Для полученных соединений с помощью программного обеспечения PASS, PASS Targets, Schrӧdinger Small-Molecule Drug Discovery Suite Release 2018-2, было проведено компьютерное моделирование взаимодействия производных амидразонов с потенциальными бактериальными и грибковыми мишенями. Результаты. Получен компьютерный прогноз спектра потенциальной биологической активности синтезированных гидрогалогенидов амидразонов 3a-f. Программой PASS Targets были предложены белки-мишени микроорганизмов: Escherichia coli – цистатионин-β-лиаза (1CL2), Bacillus cereus – фосфопантетеинил-трансфераза (1QR0), Candida albicans – экзо-β-(1,3)-глюканаза (2PB1), Staphylococcus aureus – дегидроскваленсинтаза (3ACX) для моделирования взаимодействия с амидразрнами 3a-f. Установлено, что две мишени (2PB1 и 3ACX) являются перспективными для разработки новых антибиотических препаратов на основе амидразонов. Результаты исследования могут быть использованы в качестве целенаправленного поиска и синтеза эффективных, малотоксичных противомикробных средств. Заключение. На основании предсказательного компьютерного моделирования ряда новых соединений (гидрогалогенидов амидразонов – 3) на основе N´-арилбензолкарбоксимидогидразидов определены возможные мишени для взаимодействия с производными амидразонов. Обоснована их важность в процессах жизнедеятельности исследуемых микроорганизмов. Выбраны мишени, которые могут являться целевыми для соединений класса амидразонов.
Ключевые слова: 
гидрогалогениды амидразонов
биологическая активность
компьютерное моделирование
PASS
Для цитирования: 
Сенина А.С., Пац К.М., Москвин А.В., Порозов Ю.Б. КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ГИДРОГАЛОГЕНИДОВ АМИДРАЗОНОВ С БЕЛКАМИ-МИШЕНЯМИ . Фармация, 2020; 69 (8): 50-56https://doi.org/10.29296/25419218-2020-08-07
Список литературы: 
  1. Евдокимов А.А., Сенина А.С., Москвин А.В. и др. Синтез, строение и биологическая активность некоторых амидразонов. Бутлеровские сообщения. 2014; 39 (8): 87–90. DOI: jbc-01/14-39-8-87. [Evdokimov A.A., Senina A.S., Moskvin A.V. et al. Synthesis, structure and biological activity of some amidrazones. Butlerovskie soobsheniуa. 2014; 39 (8): 87–90. DOI: jbc-01/14-39-8-87 (in Russian)]
  2. Сенина А.С., Гурина С.В., Москвин А.В. Противомикробная активность гидрогалогенидов амидразонов. Фармация. 2017; 8: 40–4. [Senina A.S., Gurina S.V., Moskvin A.V. Antimicrobial activity of amidrazone hydrohalogenides. Farmatsiya. 2017; 8: 40–4 (in Russian)]
  3. Сенина А.С., Москвин А.В., Гурина С.В., Авенирова Е.Л. Биологическая активность гидрогалогенидов амидразонов. Разработка и регистрация лекарственных средств. 2018; 1 (22): 114–9. [Senina A.S., Moskvin A.V., Gurina S.V., Avenirova E.L. Biological activity of hydrohalogenides of amidrazone. Razrabotka i registratsiya lekarstvennykh sredstv. 2018; 1 (22): 114–9 (in Russian)]
  4. Harder E. et al. OPLS3: a force field providing broad coverage of drug-like small molecules and proteins. J. Chem. Theory Comput. 2016; 12: 281–96. DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00864.
  5. Sastry G.M. et al. Protein and ligand preparation: Parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments. J. Comput. Aid. Mol. Des. 2013; 27 (3): 221–34. DOI: 10.1007/s10822-013-9644-8.
  6. Schrӧdinger Release 2018-2: Site Map, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  7. Schrӧdinger Release 2018-2: Glide, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  8. Schrӧdinger Release 2018-2: Lig Prep, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  9. Desmond Molecular Dynamics System, D.E. Shaw Research, New York, NY, 2018. Maestro-Desmond Interoperability Tools, Schrödinger, New York, NY, 2018.
  10. Beld J. et al. The Phosphopantetheinyl Transferases: Catalysis of a Posttranslational Modification Crucial for Life. Nat. Prod. Rep. 2014; 31 (1): 61–108. DOI: 10.1039/C3NP70054B.
  11. Lodha P.H. et al. Characterization of site-directed mutants of residues R58, R59, D116, W340 and R372 in the active site of E. coli cystathionine b-lyase. Prorein Science. 2010; 19: 383–91. DOI: 10.1002/pro.308.
  12. Nakatani Y. et al. Major Change in Regiospecificity for the Exo-1,3-β-glucanase from Candida albicans following Its Conversion to a Glycosynthase. Biochemistry. 2014; 53: 3318–26. DOI: 10.1021/bi500239m.
  13. Patrick W.M. et al. Carbohydrate binding sites in Candida albicans exo-b-1,3-glucanase and the role of the Phe-Phe «clamp» at the active site entrance. FEBS J. 2010; 277: 4549–61. DOI: 10.1111/j.1742-4658.2010.07869.x.
  14. Lin F.-Y. et al. A Mechanism of action and inhibition of dehydrosqualene synthase. PNAS. 2010; 107 (50): 21337–42. DOI: 10.1126/science.1153018.